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香港大学Kathy Leung梁老师此前估算北京疫情Rt的文章将发表在3月份《Nature Medicine》。Nature: 北京疫情传播系数估算-部分参考本公号投票情况 期刊通知在作者中征选封面设计图案，跟文章有关的就行。梁老师考虑这篇文章的数据主要来自网友们的调查，想看看大家有没有兴趣参与，突出crowdsourcing的作用。有兴趣的话，欢迎投稿至梁老师邮箱ksmleung@hku.hk。梁老师会挑选一份作品作为候选封面提交，不管最终杂志是否选中，梁老师有大约1000人民币的预算答谢候选作品作者。Nature Medicine候选封面图片要求：Covers should be both aesthetically appealingand scientifically relevant, and should be supplied at the best quality available. Due to the prominence of these images, we do not generally select images featuring faces children, text, graphs, schematic,  drawings, or collages on our covers.We accept TIFF JPEG, PNG or PSD file formats(a layered PSD file would be ideal)， and the image should be at least 350ppi resolution(preferably 600-1200 ppi), in CMYK colourmode. Please do not include the Nature Medicine logo, t

港大梁老师下午通知，Nature Medicine已接受文章。该文章部分数据参考本公号投票结果，谢谢各位读者的支持，感谢梁教授及时的研究。AbstractWe tracked the effective reproduction number Rt of the predominant SARS-CoV-2 variant Omicron BF.7 in Beijing in November – December 2022 by fitting a transmission dynamic model parameterized with real-time mobility data to (i) the daily number of new symptomatic cases on November 1–11 (when China’s zero-COVID interventions were still strictly enforced) and (ii) the proportion of individuals who participated in online polls on December 10–22 and self-reported to have been test-positive since November 1. After China’s announcement of ‘20 measures’ to transition from zero-COVID, we estimated that Rt increased to 3.44 (95% CrI: 2.82–4.14) on November 18 and the infection incidence peaked on Decemb

接拍帮主提示，港大梁老师估算北京11-12月份疫情传播系数的文献已经上传medrxiv。 部分数据参考微博@伊洛牧及本公号投票结果，请大家欣赏共同参与的作品。 Abstract We tracked the effective reproduction number Rt of SARS-CoV-2 Omicron BF.7 in Beijing in November – December 2022 by fitting a transmission dynamic model parameterized with real-time mobility data to (i) the daily number of new symptomatic cases on November 1-11 (when the zero-covid interventions were still strictly enforced) and (ii) the proportion of individuals who participated in online polls on December 10-22 and self-reported to have been previously test-positive since November 1. After the announcement of “20 measures”, we estimated that Rt increased to 3.44 (95% CrI: 2.82 – 4.14) on November 18 and the infection incidence peaked on December 11. The cumulative infectio

一、上海康复人数已过半 如同北京经验，随着康复者增多，短期对于疫情关注度降低，会造成康复者比例偏低，近两期投票数据均有所失真。 按照过往康复者、感染者比例，8天左右病程，可相对准确推断出实际康复者比例。再估算日增感染率，可以得出估算的感染者、未感染着比例模型。 按照预估，近两日康复者比例将大幅跳升，感染者占比将快速下滑。上海新冠疫情传播最危险的时刻已逐步度过。这也可以从发热门诊接诊量等指标验证。 但中重症相较传播高峰期有一周左右时差，目前上海乃至全国各地都处于中重症的诊疗高峰期，医疗压力山大。 二、二次感染者情况征集 后续需要密切关注是否因新变种XBB等引起一波次高峰。英国、丹麦等地在初面奥密克戎毒株时，因BA1,BA2衔接紧密，出现了双峰。 如听闻周边朋友有二次感染事项，请大家及时留言提示。近期已听到医生朋友反馈间隔一个月的二次感染案例。 29日回收196份投票，其中二次感染占比21%；30日回收123份问卷，其中二次感染占比31%；微博投票人179人，其中二次感染占比33%；31日106投票，二次感染占30%。 如果方便请各地存在二次感染朋友填下一两分钟的匿名问卷，该问卷不限制地域，后续统计结果后披露给大家参考。 几种填写方式自行选择：1）点击阅读原文；2）长按下方二维码；3）复制链接到浏览器。https://wj.qq.com/s2/11449469/fb1c/ 三、奥密克戎依然可阻断传播 25日起家属出现症状，后续抗原确诊，典型高热、鼻塞、咳嗽症状，31日下午、1日下午两次核酸顺利转阴。 期间每日近距离照顾，高热时两晚近距离陪护，也未造成家中二次传播，作为密接每天两次核酸确保阴性，易感的老人孩子也未传染。 最关键的还可能是家属三针疫苗免疫力相对较强，排毒量低，并非每一个感染者都是超级传播者，可防可控，不要放弃。 特别是第一波易感人群太多，感染传播源最多，是最难防

一、今日上海疫情调研投票 还是请大家积极转发，号召亲友每日投票，更大样本量才能得出每日疫情横断面准确数字。 请上海同学投票，请11月前已经感染的同学投第四或第五个选项。本次投票数据截至31日晚上22点。 二、二次感染情况调查 29日回收196份投票，其中二次感染占比21%； 30日回收123份问卷，其中二次感染占比31%； 微博投票人179人，其中二次感染占比33%。 假设按照30%再次感染，上海预估60%多的感染率，整体保护效力粗算为50%左右。 如果方便请各地存在二次感染朋友填下一两分钟的匿名问卷，该问卷不限制地域，后续统计结果后披露给大家参考。 几种填写方式自行选择：1）点击阅读原文；2）长按下方二维码；3）复制链接到浏览器。https://wj.qq.com/s2/11449469/fb1c/ 二次感染并不罕见，还是请大家小心。其实最危险的还是接触面较广的医护、快递、菜场等，看起来二次感染非常容易高发。如下这条新闻，标题很期待年味。 目前收回问卷情况，后续样本多了后补充详细内容。 三、上海疫情概况 上海痊愈感染者比例如同北京后期一样出现了和理论值之间的重大偏差，康复患者痊愈多日后对疫情关注度会显著下降，造成康复占比偏低。根据上海及北京过往数据，痊愈者比例一般与9天前的感染及痊愈者合计比例相当，由此可以大致估算实际痊愈者占比情况，再假设正在感染者：未感染者比例相对真实，可修正出理论值，供参考。 四、上海流行毒株 拍帮主最新文章提示大家，上海近两日上传369条新冠毒株测序记录。[变异毒株] 一步到位！与国际接轨！ 采样时间在11月22日到12月22日之间，全部来自住院病例，测序单位是公共卫生临床中心，上传单位是瑞金医院医学基因组学国家重点实验室。 世界各地各大毒株齐聚，特别是BQ.1亚普系占到369条的30%，难道已经成为本土流行株？上海官方一

一、今日上海疫情调研投票 还是请大家积极转发，号召亲友每日投票，更大样本量才能得出每日疫情横断面准确数字。本次投票数据截至30日晚上22点。 请上海同学投票，请11月前已经感染的同学投第四或第五个选项。 二、二次感染情况调查 即便上海存量痊愈感染者超60万，但也只占总人口不到3%。昨日回收196份投票，其中二次感染占比21%，显著低于目前上海此轮上海超60%的感染状态。说明： 1）早先BA2.2感染者对于目前BA5.2/BF.7毒株也有一定保护力，保护效力粗算约为60%多。 2）二次感染并非罕见现象。参考台湾地区数据，当地流行疫情指挥中心医疗应变组副组长罗一钧发布，2022年至12/24止，台湾累计重复感染97037例。由于大流行期间漏检、自我上报居多，官方重复感染数字预估也低于实际情况。 如果方便请各地存在二次感染朋友填下一两分钟的匿名问卷，该问卷不限制地域，后续统计结果后披露给大家参考。 几种填写方式自行选择：1）点击阅读原文；2）长按下方二维码；3）复制链接到浏览器。https://wj.qq.com/s2/11449469/fb1c/ 三、上海传播速率有所反弹 未感染、感染中、痊愈基本三分天下，相当于北京地区20日时状态。 痊愈同学占比快速增多，感染状态也快速下降，但传播速率近两日均有所反弹，推测可能是本周复工导致。 奥密克戎从风险暴露到出现症状，即所谓的潜伏期中位数为2.5天左右，27日周二报感染状态传播速度的低点对应周末的静默。 四、各地重症压力开始大幅增大 各地医生分享情况并不乐观。武汉人口1400万，目前在院如此多人，背后牵挂着多少家庭。医护压力可想而知，请善待医护，起码给予更多财力支持吧。

北京已经已经到了尾声，感染状态人员比例微博、微信都到了10%左右，后续抽样调查偏差较大，先行一步的疫情走势图可以供上海参考。 上海地区存量患者比例下滑，传播速率趋缓，也可以腾出手来统计二次感染情况了。 虽然上半年上海声势浩大，但最终实际只感染60多万不到3%常驻总人口，二次感染有案例但理论应该较此轮整体感染率偏低，抽样找寻不易。 所以也请各位上海朋友积极联络22年1-10月份曾经感染的同学进行投票，最好也参与下问卷调查。 为了与上海地区首次感人群传播率做对比，所以本次投票只针对上海地区同学，请其他地区朋友不要选择有效选票，可以参与后续问卷。 一、今日上海疫情调研投票 还是请大家积极转发，号召亲友投票，更大样本量才能得出准确数字。本次投票数据截至29日晚上24点。但考虑到吸引二次感染人员投票，会一直放宽到31日24点。 投票仅针对上海地区。 能够抽样到的二次感染人员人数应该不多，如果方便请各地存在二次感染朋友填下一两分钟的匿名问卷，该问卷不限制地域，后续统计结果后披露给大家参考。 几种填写方式自行选择：1）点击阅读原文；2）长按下方二维码；3）复制链接到浏览器。https://wj.qq.com/s2/11449469/fb1c/ 或者可留言大致讲下自己或家人情况，供各位参考。比如： 1、第一次感染何时，症状自我感觉轻微/难受/需入院。 2、此次感染何时，症状自我感觉轻微/难受/需入院，相较上次更轻、一样或更重。 补充年龄、疫苗状态也会很有帮助。 二、上海疫情 未感染状态比例下降速度明显下滑，相当于12月19日北京时期，近两日预估感染状态人员数量占比会进入快速下降通道。 三、北京疫情参考

一、今日疫情调研投票 还是请大家积极转发，号召亲友投票，更大样本量才能得出准确数字。本次投票截至25日晚上10点。 二、北京疫情概况 23日、24日微博、微信投票数据已经失真，已经痊愈10天的个人可能已经逐步淡化对疫情的关注，投票数偏低，造成小样本主动参与调查的痊愈人数低估。 按照12月17日数据，共有56%处于感染及痊愈状态，推测7天病程后24日也应有该如此比例，实际偏低。 按照微博CEO来去之间今日上午至晚间北京地区约1万人样本数据，未感染21%，正在感染18%，阳过了61%，可能更能反映实际情况。 三、上海感染人口比例过半，传播速率有所反弹，存量病人接近峰值 23日微信和微博调研问卷结果几乎完全匹配，相互印证在疫情高峰期，上海居民对疫情更为关注，可以得到相对更加准确的数字。 24日微信样本量更大，差距主要来自痊愈患者投票更多，约10%的痊愈比例与8天前12月16日感染比率基本吻合。 上海目前42%的感染者比例已经接近北京峰值，后续预估康复患者数将在未来几日逐步超越新感染者，使得存量病人逐步下滑，传播速度有望大幅下降。 四、广深数据 深圳速度很超预期。 五、全国各省数据 微博CEO来去之间今天上午7点半-晚间11点，总收集样本4.5万人，采集下数据可大致评估下各省疫情情况。注意部分偏远省份投票量也少，只能大致看看。 短短几天，未阳人已是少数派了。 六、重点省份趋势图 微博CEO来去之间今天上午7点半-晚间11点，总收集样本4.5万人，采集下数据可大致评估下各省疫情情况。