星海领航员

NGS从业者,肿瘤早筛、CGT、基因编辑领域探索者。

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      ·07-22 00:00

      立即生效!NanoString CosMx全部产品德国解禁!

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。今天我们关心下我们的老朋友-NanoString。#01全面解禁!2024年7月18日,Bruker(布鲁克)发布公告,旗下NanoString 空间生物学产品CosMx在德国的销售禁令已经解除。从即日起,CosMx全部产品包括蛋白和RNA检测产品,均可在德国销售。为了这一天,NanoString足足等了1年有余,甚至把公司都等没了。关于NanoString的故事,我们写过太多,有兴趣的朋友可以点击下面的tag标签去看看。实在太懒的话,可以看看后面我列出的几个链接。反正,我们都知道,NanoString的资产都基本归了Bruker。有了Bruker的钱和人撑腰之后,NanoString也得以从与10x Genomics的专利纠纷中获得宝贵的喘息机会。加上,Vizgen时不时给个助攻,算是达成了“孙刘抗曹”的局面。#02前尘往事我们简单回顾下NanoString在欧洲的遭遇。10x Genomics 2023年5月17日在官网发布消息,表示自己赢得了与NanoString关于其CosMx产品的官司,拿到了CosMx在德国的永久禁令。随后,2023年9月19日,10x Genomics再次发布公告,宣布获得UPC颁布的临时禁令。根据禁令,NanoString在UPC管辖内的17个国家不能再销售CosMx SMI设备和对应的RNA检测试剂,亦不能提供相应的服务。UPC就是European Unified Paternt Court,即欧洲联合专利法院。然而,风云突变。2024年2月26日,欧洲专利法院UPC( European Unified Patent )推翻了此前针对NanoString CosMx产品的禁售令!NanoString CosMx产品立即恢复在欧洲16国的销售!法院认为,10x Genomics此前宣称
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      ·07-19

      被淹没的FDA警告

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。今天依然没有很新的东西,只是提醒下,有很多信息被有意无意的淹没了。大家没必要点赞,觉得有用转发下就是好。2024年7月16日,美国FDA公布了一封给江苏恒瑞的一封警告信。这封信引起的关注比较多,包括Fierce Bio等都有报道,国内自媒体也有报道。不过,这封警告信其实就是我们此前聊过的483表格的延续。如果要说有新的东西,就是这里比较有点意思。就是说如果恒瑞认为针对这些问题进行的整改可能影响药品的供应,应该提前跟FDA进行沟通,避免药品的短缺。别的,基本没什么。FDA给恒瑞记了8个过大家也可以看上面这篇文章大概了解下恒瑞在生产上有哪些问题需要改正。其实,在众多警告信中还有一些事需要大家引起关注的。#01被淹没的警告信1比如,这份给PepsiCo(这个我不敢翻译了,大家都应该知道是谁吧?)的警告信。对,FDA全称是食品药品监督管理局,不仅管药品,还管食品。此前,FDA在该公司即食燕麦和燕麦棒生产设施中发现了严重的违规现象,并发现环境样本中存在沙门氏菌存在。PepsiCo进行了产品召回并进行了改正,但是,FDA认为这是不充分的。其中一款产品大概是这个样子,为了避免侵权相关识别信息已经去除。值得关注的是,这次FDA用上了WGS技术来定位污染源,呃,我怀疑可能是指mNGS?经过比对,FDA发现了污染源并且告知了该公司。该公司承认,至少自2020年起,沙门氏菌的污染就已经存在了。具体大家看注1里面的内容吧...毕竟没钱买头盔...#02被淹没的警告信2这第二份也是2024年7月16日公开,内容是关于来自中国扬州苏祥的警告信。经过比对,我们确认应该是下面这家公司,但是为了安全起见,还是打码处理。不过公司名字是对的,大家肯定能找的到的。这是一家生产并出口消毒湿巾等医疗用品的公司,位于江苏扬州宝应县。在警告信中,FDA表示这公司没
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      ·07-18

      Predicta种子轮520万美元|有人出生就在罗马

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。不是,各位,怎么咱就一身反骨呢,昨天说了不用点赞的。泪目了,感受到股东们的爱了...就在国内肿瘤基因检测进入白热化的下半场的时候,大洋彼岸似乎一切如火如荼。昨天,二级市场似乎被什么给点燃了。包括测序仪、基因检测、先进疗法的公司全线大涨,这里仅仅列出一部分。不理解,但是大受震撼。这没关系,我们可以理解理解下面一个事。#01刷下脸520万美元?2024年7月16日,据Genomeweb报道精准肿瘤检测公司Predicta Biosciences完成了520万美元的种子轮融资。别人的种子轮数百万美元,怎么我的就得是离职赔偿n+1,泪目了。该轮融资由The Engine Ventures领投,Illumina Ventures、Time Boost Capital、美国癌症协会Bright Edge和Oetgen家族也提供了额外资金。Quest Diagnostics前首席医疗官Jay Wohlgemuth、Illumina VC合伙人(Roche Tissue Diagnostics前首席执行官)Mara Aspinall,以及The Engine Ventures的普通合伙人Ann DeWitt将加入公司的董事会。这么超豪华的阵容,我已经记不清上次是谁了...反正...厉害。那么,我们不禁要问为什么?难道是产品逆天?还是创始人们眉清目秀?#02真.新秀Predicta Biosciences成立于2023年,妥妥的新生代。公司致力于用A.I.+多组学技术来开发新一代的检测技术,并使用该技术让患者获益。目前,公司已经开发了GenoPredicta检测技术,应用于多发性骨髓瘤个性化治疗。该检测已经应用于 Dana-Farber癌症中心,要知道这可是顶尖癌症研究机构,很多公司花了多年开发的产品都不一定拿到入场券。看来,产品是真
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      ·07-16

      国内mNGS公司馋哭了!白拿75万美元(第二次)

      人与人的悲欢并不相通,公司也是。比如说,我们已经卷到了3位数的mNGS领域(采样、提取、实验、报告甚至解读x)。人家还能仅凭报告系统,连拿两个政府项目。#01这也能行?2024年7月11日,加拿大(按照总部来算)BugSeq拿到了来自美国卫生部生物医学高级研究发展局(BARDA)一笔74.75万美元的合同,用于开发一种人工智能驱动的临床宏基因组数据报告工具。是的,BugSeq就是一家加拿大的mNGS公司。只不过他主要是做的生信分析部分,也就是“干实验”部分。而这,也是他“司生”中第二笔从美国卫生部拿到的资助了。早在2022年,BugSeq就拿到了BARDA一笔价值61.82万美元的项目。该项目目的是开发一个使用mNGS方法快速检测病原微生物的系统,刚刚于2024年交付。等等,这俩都是开发一个检测系统,也就是我们常说的自动化报告系统咯?只不过,后面这个项目加上了个高大上的Machine learning/Artificial Intelligence...这,在咱们这里不是“基操”么?这,算不算是个套利机会呢?#02我们,领先了?我们随便拖出几个做mNGS的中国公司来看看,没点到名的欢迎留言补充(做广告大好机会)。文中列出数据均来自公开信息,可能有点过期。微远基因Solar System,图形化界面,自带加速技术,能够完成从下机数据到报告的一键式全流程分析。兼容市面上大多数测序平台,包括illumina、MGI、ONT等。华大基因PMseq Datician,可一次性检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等17,500种病原体及代表性耐药和毒力基因检测,平均每个报告仅需3-5min。现在好像迭代到了PM Display智能报告系统了,能实现对PMseq病原检测后的检测结果归集、存储、统计、分析、数据挖掘。能够使用默认或个性化报告模板,一键智能生成检测报告,无需专业的生信分析人员。吉因加
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      ·07-15

      Houston, we have a problem|Castle Bio

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。周末,最大的事情莫过于川普遇袭。然而,这跟我们并没有关系...所以,我们还是安心的关心下业界的事情吧。猥琐发育,别浪-Castle Biosciences要逆袭?还记得2023年的时候,我们就关注到了Castle Biosciences这家公司。我们给Castle Biosciences出了3个主意来扩大营业额:第一,继续拓展新产品线,包括精神用药、食管癌或者其他。第二,出海,抢占全球细分市场。第三,并入其他大厂。而他,选择了第四条-扩大医保覆盖。然而,这路子不是Guardant Health能走通你就能走通的。#01“小问题”2024年7月5日,Castle Biosciences股价巨震,日跌幅超过18%。这一定出了什么问题。Castle离Houston并不远,让人不禁联想到那句经典的台词“Houston, we have a problem”。确实,这里出现了一个“小问题”。2024年7月13日公布的LCD(Local Coverage Determination),Palmetto GBA 拒绝了公司的第二号产品DecisionDx‑SCC纳入医保报销。当然,这并不是暗示或者明示有人提前跑路了,毕竟可能是巧合。尤其是当天Baird的分析师还给了一个Outperform的评级,对吧?我知道,大家跟我一样有几个疑问。什么是LCD?Palmetto GBA怎么能决定谁纳入医保?DecisionDx‑SCC被拒绝是为什么?#02自有国情在此美国医疗保险承包商(Medicare Administrative Contractors,简称MACs)是美国医疗保险和医疗补助服务中心(Centers for Medicare & Medicaid Services,简称CMS)的一个关键组成部分,它们是负责管理美国联
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      ·07-12

      嚯,测序仪新秀Element Biosciences完成超2.77亿美元D轮融资

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。好久没聊Element Biosciences了,结果,就“出事”了。其实是两件事情,第一件是融资,第二件事是扩充自己的高管团队。但是,其目的都是一致的:快速推动自己产品的商业化。#012.77亿美元,拿下!2024年7月11日,知名基因测序仪新秀Element Biosciences发布公告,公司完成超2.77亿美元D轮融资。本轮融资由Wellington Management领投,Samsung Electronics, Fidelity, Foresite Capital等多个新老股东跟投。本轮融资完成后,Element的融资总额已经超过6.8亿美元。在新闻稿中,各个投资方那是对Element的发展相当满意。虽然,一般情况下融资完成都会客气客气表示自己投了个牛逼公司。但是,建议大家看看这个新闻稿,要么是被Molly洗脑了,要么是真的觉得Element的产品牛。而本次融资的钱也将主要用于商业化其测序仪AVITI和即将到来的AVITI24。而在此之前,Element早就开始了相关的准备工作。#02早有“预谋”2024年6月26日,公司迎来两位高管,分别负责人工智能和产品开发。接下来,从这两位高管的任命我们来大致推演下Element下一步的发展方向。Amirali Kia博士2011年毕业于斯坦福大学,随后进入Illumina工作。在Illumina,他一干就是9年,最高担任深度学习与计算生物学的总监。随后,加入Harbinger(哈尔冰人,误),担任A.I和计算生物学的VP(Vice President,副总裁)。上一份工作是担任Deepcell的A.I与数据科学VP。Deepcell是一家通过细胞形态学结合A.I.进行细胞分选的初创公司,可以通过形态对细胞进行label-free的分选。这形态学筛选跟一个做测序仪
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      ·07-11

      拿下Fluent BioSciences,Illumina最新战略意图隐现

      环球视野,深度视角各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好。2024年7月9日,全球基因测序仪龙头Illumina发布公告,公司以自有现金收购了一家单细胞测序公司Fluent BioSciences。随后,消息开始发酵。有朋友提问Illumina这是要终结单细胞测序行业么?先说结论:不会。然后,我们这篇文章希望回答如下三个问题,并顺带聊下大家的焦虑点:第一,Fluent BioSciences是个什么公司?第二,为什么是Fluent BioSciences?第三,CEO 在公告中隐形意味着什么?#01Fluent BioSciences成立于2018年,创始人为Adam Abate和Bill Hyun。两人均为UCSF(University of California, San Francisco,加州大学旧金山分校)的教授,Adam Abate还是Facebook创始人小扎为其夫人创建的 Chan Zuckerberg Biohub的PI。Fluent 的单细胞测序技术主被称之为PIPseq,是一种不需要特殊仪器设备的单细胞测序文库制备技术。我们熟悉的两个方法是微孔板法和微流控液滴法,基本上之前所有我们聊过的公司都是这两个方法之一,或两个都有。那么,从来如此就是对的么?我们回到第一性原理,单细胞测序无非就是为了找到一个方法把细胞区隔开,并单独加上标签对吧?Fluent也是这么想的,所以他们的技术就采用了特殊的试剂(主要是表面活性剂和油等),通过Vortex震荡个1分钟左右,这油包水的单细胞体系就成了。也许有小伙伴要说了,这肯定不太行吧,双胞率得多高啊?我也是这么想的,扒了下论文中的数据,通过使用小鼠-人类细胞混合物来进行评估。最终得到的双胞率大概在3%左右,倒也不算高。另外各项指标也不错,其产品宣称能一次性捕获多达10w个细胞(甚至据说能到100万)。虽然看起来都不错,那么
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      ·07-08

      引爆想象!这家基因检测公司可能有大动作?

      美国肿瘤基因检测公司Personalis真的可能有大动作。最后还有个小彩蛋,别忘了拖到最后看看“大怨种”。#01酒香,巷子也深作为一家2019年就上市的基因检测公司,Personalis的存在感并不强。即便,他打出的概念就是超灵敏的MRD检测,也没有像Natera的Singnatera那样广为人知。给人的感觉就是技术很强,产品不错,公司没听过...反映在股价上的结果就是:跌跌不休。但是,我们抛开专利/技术细节不看,来谈两个我们已经报道过的案例。这两个案例,足以证明Personalis的价值。第一个就是与Foresight Diagnostics的专利纠纷。Foresight甘愿付钱,并且愿意付给Personalis版税。这说明Personalis的技术确实有价值。这段故事,我们放到最后的相关文章里面发,有兴趣可以看看。第二个就是与Temus的合作。2023年11月28日,Personalis发布公告,公司与Tempus达成合作协议,共同开发其NeXT Personal Dx检测项目,也就是Personalis基于WGS的MRD检测项目。怎么样,是不是有点意思?更有意思的是最近披露的两个文件,这直接引爆了对Personalis的想象。#02两份重磅文件第一份文件,来自于Lightspeed Venture(光速资本)的持股披露文件。根据文件显示:Lightspeed Venture Partners VIII, L.P. 持有 4,117,768 股。Lightspeed Venture Partners Select, L.P. 持有 1,958,726 股。Lightspeed Venture Partners Select IV, L.P. 持有 2,084,240 股。Lightspeed通过三个实体总计持有 8,160,734 股 Personalis 的股票,持股
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    • 星海领航员星海领航员
      ·07-06

      SomaLogic洗冤录

      原本的SomaLogic SomaScan现在变成了Standard BioTools的蛋白组学平台。 关于Olink Explore和SomaScan的对比,我们之前已经做过一些分析,参见: 基于亲和力+NGS测序的蛋白组学:Olink vs SomaLogic,谁更胜一筹? 基于亲和力+NGS测序的蛋白组学:未来去向何方? 更新:基于亲和试剂+NGS测序的蛋白组学:Olink vs SomaLogic,谁更胜一筹? 科学界也对这两个平台进行了一些正面对比,结论有时天差地别。 Amgen旗下的Decode Genetics是比较早采用SomaScan平台的一个团队。他们在2022年初就发表了一篇BioRxiv预印本文章,进行了近5万名英国生物库参与者Olink Explore 3072平台的测量和3.5万多名冰岛人的SomaScan v4平台(检测4900多种蛋白靶标)检测,将两个平台确定的蛋白质定量性状位点(pQTLs)进行了比较,发现与Olink平台相关的cis-pQTL比例更高。 pQTL已成为蛋白组学研究的主要重点,这可以帮助研究人员确定与疾病发展相关的有前景的药物靶点或蛋白质表达模式。pQTL通常被分为cis顺式,意味着pQTL位点位于编码该蛋白质的基因附近,或反式trans,意味着这一pQTL位点离编码该蛋白质的基因更远。虽然两者都有潜在的意义,但检测cis-pQTL提供了强烈迹象,表明该平台对该特定蛋白质的检测是特异的,因为它正在测量其目标。 Decode预印本的结果引起了当时SomaLogic和外部研究人员的批评,他们都指出,Decode研究人员没有根据SomaLogic建议的数据标准化(Normalization)进行操作,因此导致了较低的cis-pQTL检测。 该预印本后来被撤回,作者表示它“不应该在英国生物银行制药蛋白质组学项目UKB-PPP之前发
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    • 星海领航员星海领航员
      ·07-03

      微信公众号已死

      本文,缘起于跟一群自媒体大佬的群聊话题。在互联网的江湖里,微信公众号曾是一块风水宝地,无数英雄豪杰在这里挥斥方遒,指点江山。然而,随着流量推荐机制的偏移,这片土地渐渐变得荒凉,许多优秀的创作者开始背井离乡,转战抖音、快手、小红书等新兴平台。广告、擦边、低质量“小编体”、震惊体,比比皆是。今天,我们就来聊聊这个现象,剖析微信公众号的"死亡"之谜。#01流量推荐机制的偏移:微信公众号的"失宠"微信公众号的流量推荐机制,曾是它吸引创作者的法宝。然而,随着时间的推移,这个机制似乎越来越偏爱新作者,导致许多老作者的流量日渐萎缩。这种现象,就像是皇宫里的宠妃突然失宠,被新入宫的佳丽所取代。老作者们看着自己的文章阅读量日渐下滑,心中不免五味杂陈又无可奈何。最是人间留不住,朱颜辞镜花辞树。人人以进入“流量池”为荣,初心呢?风格呢?内容呢?都不重要。流量=一切。#02新平台的崛起:微信公众号的"竞争对手"与此同时,抖音、快手、小红书等新兴平台的崛起,为创作者们提供了新的战场。这些平台以短视频、直播等形式,迅速吸引了大量用户。相比之下,微信公众号的文字形式显得有些"老派"。这就像是在一场舞会上,年轻的舞者们跳起了热情的桑巴,而微信公众号这位老舞者,却还在跳着优雅的华尔兹。甚至,还有可能是...跳大神。新的Z时代视频长了都不耐烦,你不能在2秒内让我爽,直接滑走。所以视频已经进化到帮你把内容掰开揉碎嚼烂喂到受众嘴里了,而公众号的文字还需要动脑筋、拼逻辑、靠想象,谁跟你玩?#03创作者的"出走":微信公众号的"人才流失"面对流量的减少和新平台的诱惑,许多优秀的创作者开始"出走"。他们带着自己的才华和创意,转战新的平台,寻求更大的发展空间。这种现象,就像是一场人才的"大迁徙",微信公众号这片土地上的优秀创作者们,纷纷向新的土地进发。一个不争的事实就是疼讯自己也在“抛弃”文字内容,转而扶植视频号与其他平
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